Para capturar los valores de los checkboxs no uses js
Deberias usar los checkbox en un formulario y los checkbox formarían un array
Código PHP:
<input type="checkbox" name="empresa[]" value="1">
<input type="checkbox" name="empresa[]" value="2">
<input type="checkbox" name="empresa[]" value="3">
Luego en la pagina.php que recibe los datos recorres al array con php
Código PHP:
foreach ( $_POST['empresa'] as $i => $valor ){
if ($valor !='')
echo 'Id tildado: '.$i;
}
Ufff, hace tiempo que no tocaba este código, espero no haberle errado en nada.