ayuda para estructurar las tablas de proyecto

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1) Creas un índice UNIQUE con las claves de empresa y usuario. No se podrá repetir jamás la combinación. Pero un ID autoincrement para un negocio no sirve, debe usarse un campo que realmente pueda identificar al negocio en sí mismo, como por ejemplo, el número de inscripción que el mismo tenga en la agencia impositiva del país.
2. Eso es un problema de doble frente: La selección de parámetros es asunto de la aplicación, no de la base de datos, y es allí donde debes poner los filtros que permitan construir una consulta que sea más restrictiva. La consulta, por su parte debe ser parametrizable de modo de aceptar varias posibilidades de filtrado alternativo.
3 y 4. Estas preguntas muestran que las reglas del negocio (etapa de análisis de sistemas) no están definidas o no están bien analizadas. Se trata del tipo de cosas que debes plantear antes de diseñar el modelo de datos, no mientras lo haces. Trata de establecer bien todos los criterios de las reglas con que funciona o funcionará el comercio y luego verifica si el modelo de datos requiere cambios.
5. Una tabla de datos para representación puede ser una relación débil que requiere solamente el ID de la empresa y el ID del registro. Obviamente eso significa que cada registro de la tabla de datos se relaciona con la del negocio por medio de una FK referida al ID del negocio. Nada más.