Hola fgil2:
En un fichero js debes poner las instrucciones javascript sin las etiquetas <script>...</script>
y poner texto (funciones js, variables, código...)
Y en en la página poner el tag <script> poniendo en el atributo src la ubicación absoluta o relativa del fichero js.
Voy a poner un ejemplo simple para que pongas un link a una página:
// este es el fichero.js
document.write("<a href='www.forosdelweb.com'>Visite Foros del Web</a>");
... y en el body de la página html (en el lugar donde quieras que aparezca:
<body>
<center><h1>Bienvenido a mi página</h1>
... bla, bla, bla...
<!-- aquí aparecerá el "js" -->
<script language="javascript" src="fichero.js"></script>
Espero que te sirva...
Saludos
