Hice lo siguiente y funciona de maravilla, le resto al horario actual el horario guardado, transformando las variables con strtotime para utilizarlas como timestamp, y a su vez el valor es pasado por la funcion abs(), esto me da la cantidad de segundos entre uno y otro, de manera que en un if pregunto si ya pasaron 3600 segundos (que es lo equivalente a 1 hora), y si es asi lo dejo pasar.
Gracias de todas formas, por si a alguien le sirve aca esta:
Aclaro que la variable guardada en la base de datos esta en formato datetime Código PHP:
$actual=date('y-n-j G:i:s');
$anterior=mysql_db_query($db,"select * from emails");
while($row=mysql_fetch_array($anterior))
{
$ultimo=$row["anterior"];
$diferencia=abs(strtotime($actual) - strtotime($ultimo));
}
mysql_free_result($anterior);
if ($diferencia>3600)
{
echo 'Ya paso 1 hora.';
}