Si el sistema es lento, lo primero que hay que analizar es de donde proviene esa lentitud e incidir sobre ello. Todo lo demás es jugar a ver si suena la flauta.
Quizá ya lo has analizado, pero de tu mensaje no se desprende eso, y las preguntas que haces tampoco parecen indicarlo.
Lo de que automaticamente por usar Hibernate, u otro ORM, el sistema es lento, es un mito como otro cualquiera de los que pululan por Internet y yo tengo mis propias pruebas que demuestran lo contrario, no hablo de oidas. Claro que eso no significa que automáticamente sea rápido, que sería otra tontería semejante

. Depende de tu sistema y de cómo lo uses. Así que no digo que no sea el problema o que lo sea... es que con la información disponible es imposible saberlo.
Pero volviendo al principio, lo que cualquier buen especialista en análisis de rendimiento y optimización te dirá es que lo primero que tienes que hacer es, entre otras cosas, encontrar
la fuente del problema. Todo lo que hagas sin saber eso es lotería.
S!