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[Ronruby]

¿2 días? ¡¡¡DEMONIOS!!!

¿Tu tabla esta indexada? Si la información no cambia, podrías usar el cache de consultas para optimizar la búsqueda.

De todas formas es mejor en una tabla, imagínate 100,000,000 registros en un archivo de texto ... ¡Va a pesar una tonelada! Y un archivo de texto no cuenta con las facilidades que da una base de datos (sin mencionar, que para muchos registros, es mas lento usar archivos de texto).

Podrías plantear tu duda en el foro de MySQL para que los realmente expertos en este tema te pueden orientar.