ok, ya me corregi; y gracias por ,la ayuda emiliodeg; el codigo quedaria mas o menos asi:
en nuevodocumento.php
<tr cellpadding="0" cellspacing="0">
<td rowspan="2" align='right'><b>Emisor:</b> </td>
<td align='left'>
<input name="edoc" type="radio" value="externo" onclick="enviaQuery('resultado','myajax.php?seip=' +this.value);"/> <U>Externo</U>
<input name="edoc" type="radio" value="interno" onclick="enviaQuery('resultado','myajax.php?seip=' +this.value);"/> <U>Interno</U> <a href="javascript
:;" onclick="Modalbox.show('nuevo_personal1.php', {title: 'Nuevo Emisor', width: 400, loadingString:'Espere Municipalidad Distrital de La Victoria', closeString:'Gracias. Municipalidad Distrital de La Victoria'}); return false;"><img src='images/emisor.png' alt="nuevo emisor externo" width="27" height="21" border='0' /></a></td>
</tr>
<tr>
<td align='left'>
<div id='resultado'>
<select name="emis" size='1' class="form">
<option selected>[Escoja Emisor]</option>
</select>
</div> </td>
</tr>
el codigo de myajax.php
if ($_GET['seip']=="externo"){
?>
<select name="emis" size='1' class="form">
<?
$miconexion->consulta1("select * from emisor where emi_id>0");
echo "<option Selected>[Escoja Emisor]</option>";
while ($row = mysql_fetch_array($miconexion->Consulta_ID1))
{
$cap=$row['emi_id'];
$can=$row['emi_nom'].' '.$row['emi_ape'];
echo "<option value=$cap";
if ($cap==$idemi) echo " selected ";
echo">$can</option>";
}
?>
</select>
<?}
if ($_GET['seip']=="interno"){
?>
<select name="emis" size='1' class="form">
<?
$miconexion->consulta1("select * from personal where per_id>0");
echo "<option Selected>[Escoja Emisor]</option>";
while ($row = mysql_fetch_array($miconexion->Consulta_ID1))
{
$cap=$row['per_id'];
$can=$row['per_nom'].' '.$row['per_ape'];
echo "<option value=$cap";
if ($cap==$idper) echo " selected ";
echo">$can</option>";
} ?>
</select>
<?}
Eso seria todo, claro estoy trabajando con javascript; gracias por todo