Dado que creo que se trata de una ventana modal para identificar a un usuario, deberías forzar el cierre de la misma en el botón de submit.
Yo probaría poniendo el botón asi:
Código:
<input type="button" value="Entrar" onclick="envia()">
La función quedaría asi:
Código PHP:
function envia(){
document.nombreDelForm.submit();
window.close();
}
Pruébalo y avisame.
Saludos.