hola caro... yo hago este tipo de reportes casi a diario,bueno supongo q tambien tienes un sistema de busqueda para mostrar los resultados en la tabla.. si es asi.. bueno en la funcion de tu boton exportar, deberias recojer los filtros de la consulta q generas, y bueno solo mandarias esos datos al archivo php que te generar tu excel... algo asi.
Cita: window.open("paginaexcel.php?filtro1=valor1&filtro 2=valor2"...)
weno eso es javascript.. para obtener los valores.. cheka tu manual de DOM...acceso a elementos html !..
suerte!!