Sigues sin ser muy claro en por qué dices que no te sirve el uso del MySQLDump.
En definitiva tienes dos soluciones: O resuelves el asunto con la herramienta probada (mysqldump.exe) por medio de
una llamada al sistema, o bien resuelves tu backup manualmente por medio del PHP haciendo un dump de las tablas, creando un script a medida para recargar el backup.