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Iniciado por RootK 
Eso ya va a depender de tí, porque los archivos que se colcan físicamente al hacer la publicacion los direccionas como directorio virtual dentro tu IIS y creas el web application, y en producción sería algo similar, o la otra forma es crear un web setup project donde selecciones tu Web app como output project para que tengas el instalador y ese sea el que te lleves a producción
me explico ?
Perdon pero no entendi lo de setup project, y output project cmo es?