1.- El linux puedes ejecutar tu programa desde el shell, ejemplo:
Al agregar la shellbag al principio del fichero le indicas que interprete usara el scrpit, solo le tienes que dar permisos de ejecución y listo.
Lo mas recomendable es de la primera forma si estas empezando.
2.- En google ahí infinidad de manuales, pero si tienes una duda especifica para eclipse o pydev puedes preguntar.
3.- Python debbuger
http://docs.python.org/library/pdb.html
4.- Mas shell
Código bash:
Ver original$ sudo aptitude install Nombre_de_la_libreria
Por cierto que "linux" estas usando? Me refiero a la distribución.