no estoy muy familiarizado con este tipo de codigo pero a ver si te aclara el concepto, y puede que me equivoque. segun detalles que he leido en muy pocas ocaciones javascript se puede correr en el servidor con .net, eso ya tu lo sabes. sin embargo, no creo que sea exactamente JavaScript sino JScript, o sea la version javascript de microsoft de modo que los objetos difieren un tanto. es decir, dudo que tenga objetos como Document. ahora bien, dado que se ejecuta en el servidor, no creo que el servidor entiende el concepto de HTML DOM pero si puede trabajar con XML DOM. intente buscar en google por terminos ".net HTML DOM" y no encontre mucho. lo unico cercano que pude encontrar fue
.NET HTML DOM Parser pero no se si sea eso exactamente lo que necesites.