mmm....
obviamente
str_replace() no hace todo el trabajo por ti... se coherente, por favor!!
NO hay funciones mágicas que hagan todo lo que se te ocurra así de simple...
osea... al leer un archivo, se asigna a una
cadena de texto... ¿o hay mas??
lo lees con
file_get_contents() (
supongo que ya la conocías, pero seguro no es para ti... o si??)
haces el reemplazo, y el contenido lo vuelves a escribir con fopen/fwrite/fclose ....
supongo usas bastante esto, pero seguro no es para lo que necesitas....
:
además necesitas usar un ciclo, para iterar los archivos... creo que también lo usas bastante no? 
ahora, si evitas abrir el archivo, reemplazar y guardarlo... ¿¿que otra idea tienes en mente???
osea... así es como se hace lo que preguntas... yo no veo el problema
