¿Están todos los videos en el mismo formato? Es IMPORTANTE que todos tengan las mismas características (tipo de compresión, resolución, bitrate de video y audio, etc.). Si es así, busca el Synchronizer 0.08 (
http://www.divx-digest.com/software/synchronizer.html) y con él puedes unirlos.
Si no estan en el mismo formato, puedes recomprimirlos con VirtualDub