Bien, como te ha dicho zaetoner, el código php es interpretado por el servidor y lo que te muestra es un archivo html. Con lo cual... o quien te lo ha dicho no sabe de que habla... o tu has entendido lo que te ha dado la gana.
para el caso, no debes preocuparte sobre el lenguaje de programación de la web, sino en los aspectos SEO ( que para eso estas aquí ) de como esta usado ese lenguaje. Es decir, si usa las etiquetas adecuadas, en su correcto lugar, etc.
La verdad es que wordpress tiene modulos para mejorar la optimización de este, y no creo que te cueste mucho conseguir buenas posiciones. Independientemente de ello, pasate por:
http://www.forosdelweb.com/f64/indic...to-seo-660326/