Es muy necesario que sea con clickocne????
InstallShield tambien tiene la opcion de Publicar para WEB y generar archivos CAB.
Aqui algo mas de información de clickonce.
http://168.243.33.13/foro/viewtopic.php?f=40&t=276
bueno pues se me ocurre que crear un proyecto de instalacion en VS2005/8 y ahi definir una carpeta personalizada y montar el WAMP o algun pack que tenga el MYSQL solo para funcionar. (creo que hay una instalacion de mysql portable) ya dentro de esa carpeta agregar los archivos del wamp.
Con esto se podria.
