Supongo que lo que en realidad te dirá es que un UL sólo puede estar formado por LI's, y luego estos ya pueden tener el contenido que sea. Un UL, que es una lista, sólo puede estar formado por elementos de lista (LI), y no puede contener nada sin estos. Es como una tabla sin celdas, que no puede contener otra cosa que deldas, y éstas a su vez el contenido.
Pruébalo así:
Cita: <ul id="nav"><li><?php include (TEMPLATEPATH . '/searchform.php'); ?></li></ul>