Yo lo que haría es poner en el botón de enviar del popup un comando para recargar a la página madre. Esto lo logras poniendo lo siguiente:
Tienes esta botón:
Código:
<input type="submit" value="Guardar" onclick="recarga()">
En el <head> tienes la siguiente función:
Código:
function recarga(){
opener.location.reload();
close();
}
De este modo, es el mismo popup quien va a recargar la página y no el foco sobre ella misma, cosa que debe estár generando "epilepsia" en tu ventana.
Saludos.