Bueno, tienes razón: es "una duda tontísima", pero más que tontísima yo diría que refleja tu falta de conocimiento. Bien, si digitas
www.dominio.com, pues no aparece el index.html y si digitas con el index.html obviamente aparece con index.html, todos los servidores linux están configurados para que cuando digites dominio.com automáticamente jala el index.html. Entonces la otra pregunta tonta: "por qué en algunas webs no se ve en la barra de direcciones /index.html y en otras sí?" pues por nada en especial: algún novato linkeó la página usando el index.html y en otras no. Tú mismo compruebalo, búscate una dirección en la que aparesca con todo y el index.html y borralo y oprime enter, entonces recargará la misma página.
Dicen que para una pregunta tonta la respuesta también será tonta. No sé si en este caso se aplica pero espero que te haya servido.