Creo que no te entendi, pero si lo que quieres que segun hayas puesto en un lado te ponga ckecked o no pues seria algo asi :
Código PHP:
?php while($capacidad = mysql_fetch_array($rpta_capacidad)):?>
<input name="capacidad[<?=$i?>]" type="checkbox" class="objetoformulario" id="capacidad" value="<?=$capacidad['Capacidad']" if ($capacidad['checked'] == 1) echo "checked">
<?php
}
?>
La verdad no se si es eso lo que quieres, pero si quieres que te marque unos check si y otros no pues ponle simplemente algo asi :
if ($capacidad['checked'] == 1) echo "checked"
Donde checked sera la variable donde guardas el valor del check ....
Tambien puedes poner y creo que es mas correcto :
if ($capacidad['checked'] == 1) echo "checked="checked"
Espero te ayude, si no pues nada sorry por las molestias XD