El problema es que estas usando comillas simples y luego escapandolas
Código PHP:
<?php
$codigo=$_REQUEST[codigo];
$url="encuesta6.php?codigo=".$codigo;
echo '<script languaje="JavaScript">
function ventana() {
window.open("'.$url.'","ventana","width=400,height=600,titlebar=no,resizable=no,scrollbars=yes,dependent=true");
}
</script>';
?>
Me dejas saber