No acabo de entender exactamente lo que explicas, pero hay que tener en cuenta que no se debe trabajar en el hilo de eventos puesto que si hacemos cosas, hasta que no terminemos ese hilo no puede continuar con su trabajo que es, entre otras cosas, repintar la pantalla.
En este tema del Java Tutorial explican las interacciones entre Threads y como organizar las cosas para que no se bloqueen las acciones de repintar, activar botones etc.:
http://java.sun.com/docs/books/tutor...g/concurrency/
S!