se me ocurre que hagas una funcion donde llame la página que contiene la información que quieres que se refresque y luego de cerrar el popup la llames, algo como ésto
Código PHP:
function refresca(id,pagina){
//código
ajax.open ('GET', pagina, true);
if (ajax.readyState == 4 ){
document.getElementById (id).innerHTML = ajax.responseText;
}
}
luego al cerrar el popup llamar a la funcion indicando la página que quieres refrescar y el id donde quieres que esa información se cargue
refresca("contenido","paginaconcontenido.php");
<div id="contenido"></div>
saludos