Holas,
Yo los uso cuando hice varios insert en el dia por ejemplo de los 1000 registros que tengo en la tabla, borro 400 o ingreso otras 500, recien uso OPTIMIZE TABLE.
Te paso el link segun en MySQL como se debe usarlo:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/...ize-table.html
Saludos
Gildus