La función
imagejpeg() según el manual oficial de PHP se usa para pintar la imagen en el navegador o para salvarla a fichero. Para salvarla a un fichero debes pasar como segundo parámetro la ruta donde se almacenará el fichero. Te recomiendo leer la documentación relativa a esta función para resolver todas las dudas.
http://es2.php.net/manual/es/function.imagejpeg.php
Posibles soluciones que veo. Una de dos o usas esa función para guardar el thumb y omitir así el uso de
move_uploaded_file() o prescindes de la funcion
imagejpeg() para que no te pinte en el navegador la imagen. Tu dedices :)
Saludos!