Esto que te está pasando no es ningún tipo de conflicto, es normal en el entorno de AD.
No tenes que pasar a los usuarios como administradores. En mis años de usar AD, son casi nulas las veces que no me queda otra que dejar al usuario como administrador para que funcione cierto software. Siempre hay una solución manejando los permisos.
Hay dos lugares donde éstos son muy importantes:
- En los archivos y carpetas en C:\Archivos de programa\(Software)
- Y (El más olvidado o desconocido) en las claves del registro HKLM\Software
1 - Para suplir las necesidades de software malisimamente programado, como tratar de escribir en C:\, tenés que darle permisos, por ejemplo, a un usuario particular, o a un grupo que crees, de escritura sobre ese directorio, pero en las opciones avanzadas, seleccionar "Aplicar en"
Sólo esta carpeta y fijate de modificar cada permiso avanzado según tus necesidades. (Por ejemplo quitar la tilde en borrar archivos)
2 - Siempre para instalar software tiene que ser como administrador. NUNCA dejes la tarea de instalar software a los usuarios. Ellos sólo tienen que trabajar, no administrar los equipos.
3 - Se necesita mas información para saber que es lo que está pasando.
Saludos.