Hola
Por lo poco y nada que entendí, y a ver si interprete bien lo que quieres
Si quieres que tu codigo JavaScript se llame desde un archivo externo solo tienes que agregar lo siguiente entre las etiquetas HEAD del documento.
Código:
<script language='javascript' src='ruta_donde_esta_el_archivo.js'>
Luego para invocar a una funcion que se encuentra definida en ese archivo externo
solo debes llamarla con el nombre de la funcion desde algun evento en este caso onClick = javascript
:nombre_funcion_js();
Saludos y espero te sirva.