Lo que se me ocurre es que crees una categoría (que no se muestre nunca) que sea algo como "No Portada" (id=33 es un ejemplo), y luego en la portada, hagas un query_posts() excluyendo la categoría id=33 (o la id que tenga tu categoría "No Portada")
Se entiende?
Aquí tienes más info sobre query_posts():
http://codex.wordpress.org/Template_Tags/query_posts
Suerte!
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