jejeje si es que las dos se llaman index.php pero el ../../index.php es la pagina principal de la web y la index.php del mismo directorio del comprueba.php es la pagina privada de los usuarios ;)
Se me pasó decir cuando escribes mi dominio
www.ejemplo.com hay un archivo index.php que te redirecciona a una carpeta (dominio1) y aqui es donde comienza mi directorio web con todas las paginas. Esta asi porque en el mismo hosting se alojan diferentes dominios y cada carpeta pertenece a un dominio es por tenerlo todo mas organizado, ¿Eso tiene algo que ver?
Quiero decir con esto que mi pagina principal es de este estilo
http://www.ejemplo.com/dominio1/index.php
En este caso la carpeta dominio 1 funciona como si fuera mi directorio de la web para que nos entendamos jeje