Hola rompeguesos,
Al cambiar el safe mode te da error porque no debes tener permisos para escribir en el directorio donde se guardan los ficheros de sesión. Eso no creo que sea la causa del problema que tienes.
Yo hay algo que no termino de entender: si tienes el fichero comprueba.php está en la carpeta usuarios/usu/ y el fichero index.php en la carpeta raíz, ¿a qué fichero estás llamando en la siguiente sentencia del fichero comprueba.php?
Código PHP:
header("Location: index.php");
Si no creo mal, para que el redireccionamiento te lo haga bien, deberías poner los siguiente:
Código PHP:
header("Location: ../../index.php");
Tal y como lo tienes, el fichero index.php al que redireccionas está en usuarios/usu/. ¿Has comprobado a ver si ahí tienes un fichero index.php? Quizás estés comprobando la variable de sesión en el fichero equivocado o, lo que es más probable, no estás redireccionando al fichero index.php adecuado.