se producira un conflicto donde el uno reescribira al otro dependiendo cual se declare primero o segundo. la solucion mas sencilla es unir ambos codigos en una sola declaracion. o sea, o declaras las sentencias en el archivo .js o la declaras inline. la otra solucion es utilizar la funcion
addEventListener (o
attachEvent para msie) donde este permite agregar tantos handlers necesario al evento sin sobreescribir alguno asignado.
Código:
<input type='button' id='miBtn' value='btn' onclick='alert(0);' />
<script>
// asumiendo este es tu archivo .js;
document.getElementById('miBtn').addEventListener('click', function(){alert(1);}, false);
</script>