No puedes colocar una Multicell justo al lado de otra Multicell o de una Cell de buenas a primeras, tienes que setear la coordenada X y primero colocar la columna 2, luego la 1
Código PHP:
$this->SetX( $mizq+$anchoc1);
$this->Cell($anchoc2,$alto,"MI COLUMNA 2",$border,0,$aligndata);
$this->SetX( $mizq);
$this->MultiCell($anchoc1,$alto,"MI COLUMNA 1",$border);
Obviamente reemplaza las variables que corresponden:
$mizq: margen izquierdo que definiste
$anchoc1: ancho que le asignaste a la columna 1
$anchoc2: ancho que le asignaste a la columna 2
$alto: alto de la celda
$aligndata: alineacion del texto
$border: border de la celda (0 ó 1)
En tu caso tienes que utilizar "$pdf->SetX" en lugar de "$this->SetX" (igual para el resto de las instancias)
Saludos.