Otra solución, en 5 minutos no creo que se me ocurra.
Pero me remito a la tuya.
Si cada dirección del registro ocupa una linea, puedes leer las lineas de X en X con cada crom sencillamente leyendo donde te quedaste en un fichero.
Por ejemplo. Supongamos que el fichero de los mails-registros es registro.txt
Puedes crear un fichero token.reg donde almacenes el valor donde te quedaste.
Lo primero que debería hacer el script que lances en el cron, es leer el fichero token.reg y tomar su valor para ver donde te quedaste 50 (indicaría que debes leer a partir de la fila 50). seguidamente, al acabar de mandar los mails (o de leer el token), sobreescribes el token.reg poniendole 10 más. 60. Que se leerían al comienzo de la próxima tarea programada.
Otra solución es que en el mismo script que lance el cron, hagas unas pausas entre mail y mail de varios minutos.
suerte.