Hola
no eres muy especifico con tu pregunta!!
este programa correra sobre terminal server?? y quieres protegerlo de manera que solo se utilice este programa?
tu winNT/2000 te refieres a la version server o client?
en polices group tu puedes crear una politica de grupo decidiendo que aplicaciones quieres negar tipo panel de control, iconos, programas, horarios etc etc.
espero tus comentarios