No entiendo muy bien a que te refieres con multicapa o querías decir multicanal?
El EPS no es precisamente el mejor formato para imprenta y ni mucho menos el estándar:
EPS: Si lo conoces, evítalo
Yo utilizaría el formato psd, marcando que guarde las tintas.
Otra opción que tienes en el cuadro de diálogo imprimir de Illustrator es obtener un archivo postscript y destilarlo después con distiller.
No obstante una vez generado el pdf, en Acrobat siempre verás los canales CMYK aunque estén en blanco, además de ver los pantone correspondientes.