Javascript,PHP y Mysql, como proceder en las consultas?

[pepepercebe]

Hola estoy empezando con esta combinacion y me gustaria saber cuales son las funciones idoneas para guardar la integridad de los datos en la base de datos MYSQL.

Las inserciones las estoy haciendo con Ajax(javascript y PHP), y ahora mismo los datos que envio los escapo con la funcion encodeURIComponent(), pero no se si esta funcion es la ideal, es la que veo en la mayoria de ejemplos.

Para introducir datos en la BD:

javascript-> PHP-> MYSQL

Es necesario siempre encodeURIComponent? luego es conveniente utilizar otra funcion PHP antes de la insercion en MYSQL??

Para consultas:

MYSQL->PHP-Javascript

En la direccion contraria, es necesario unesape() o alguna otra funcion para tratar los datos?

Mysql la tengo configurada en UTF-8.

Cual creeis que es la mejor opcion? Como tratais vosotros este tema??