No necesitás crear 2 funciones sino hacer el llamado de manera diferente, usando argumentos en lugar de variables globales:
Código PHP:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title>Documento sin título</title>
<script type="text/javascript">
function redireccionar(pagina)
{
top.mainFrame.location=pagina;
}
onload=function(){
setTimeout (function(){redireccionar('http://www.google.com');}, 10000);
setTimeout (function(){redireccionar('http://www.yahoo.com');}, 20000);
}
</script>
</head>
<body>
<iframe width="500" height="300" name="mainFrame"></iframe>
</body>
</html>