Bueno, es tu opinión. (y esto no es sarcasmo).
Tampoco son capas. 
Tampoco es que unos navegadores hayan hecho interpretaciones diferentes. La cuestión es que se definen unos estándares y hay quien los respeta y otro que dice "
ah, no. Yo lo hago a mi manera y los estándares a tomar..."
Más lógico o menos es subjetivo. Hubo que acordar un estándar y eso hicieron, como definir los bordes, márgenes... en sentido horario empezando por el superior. Opiniones habría para haberlo hecho diferente: el derecho primero y hacia abajo (antihorario) pero...
Un saludo, harvey
P.D.: Y no, no recuerdo haberme encontrado nunca el "box-sizing" dentro de lo estándares de css2.1
P.D.: Lo que sí me imagino que haces es usar un doctype válido y poner a cero tu css (reset css)