Es que tu duda tiene más que ver con Flash que con javascript (según entiendo). Para comunicar Flash con javascript y viceversa, lo mejor es usar la clase
flash.external.ExternalInterface, la cual posee 2 métodos (call y addCallback) tremendamente útiles para este tipo de comunicación de lenguajes. Sólo hay que estudiar los ejemplos de la documentación en el enlace que te pasé.