Hola, intenta asì
Código PHP:
$sql = "INSERT INTO une VALUES ";
for($i=0; $i<sizeof($fcontents); $i++) {
$line = trim($fcontents[$i]);
$arr = explode(";", $line);
if(!$i) $sql .= ",";
$sql .= "('".mysql_real_escape_string($arr[0])."', '".mysql_real_escape_string($arr[1])."')";
}