Hola
Prueba poniendo las reglas en orden descendente de número de variables (primero la de 5, luego la de 4...), y añade [L] al final de cada regla
Código:
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RewriteEngine on
#5 variables
Rewriterule ^(.*)/(.*),(.*)/(.*),(.*)/(.*),(.*)/(.*),(.*)/(.*),(.*)/$ $1.php?$2=$3&$4=$5&$6=$7&$8=$9&$10=$11&$12=$13 [L]
#4 variables
Rewriterule ^(.*)/(.*),(.*)/(.*),(.*)/(.*),(.*)/(.*),(.*)/$ $1.php?$2=$3&$4=$5&$6=$7&$8=$9 [L]
etc........