Hola:
El día de hoy lo puedes saber con el objeto Date y su método getDate(), o sea que sería:
hoy = new Date().getDate();
for (i=0; i<=31 ; i++) {
document.write("<option value=' +i + '";
if (i == hoy) document.write("selected='selected' ");
document.write(">" + i + "</option>");
}
Saludos