Claro que se puede si la imagen poniendola en varias partes cabe en tu escáner. Si es así, aquí te dejo un enlacé con un tutorial que te servira de referencia.
escánear por partes
Yo ya he escáneado imagenes en varias partes, sólo te digo que aparte de lo mencionado en el enlacé es muy posible que tengas que hacer correcciónes de tono y saturación en algúnas áreas.
Así mismo probablemente tendras que hacer un poco de rotación en algúnas de ellas.
saludos