No termino de entender lo que quieres decir, pero para asignar una clase CSS (las que comienzan con un punto) sería al como:
Código:
.miclase{ background-color:red; }
...
document.getElementById(idElemento).className = "miclase";
Si tienes varios elementos tendrás que recorrerlos todos.
En cuanto a las que comienzan con '#', se aplicarán diréctamente.