me parece que si haces instalaciones completas independientes no deberías tener problemas para tener ambos funcionando pero...
cual seria la idea de tener 2 versiones de Office instaladas en la misma maquina, digo si tienes el Office 2007 siempre puedes grabar los archivos con compatibilidad para versiones anteriores o en cambio si tienes el 2000/XP/2003 puedes instalarle el paquete de compatibilidad para leer/crear archivos con formato 2007.