Esos objetos no son serializables ex-profeso por cuestiones de seguridad. Si lo que quieres es tenerlos como "Stream", un KeyStore se puede escribir como fichero y ahi lo puedes leer como un Stream.
Si un objeto no es serializable, la alternativa es utilizar Externalizable, pero implica que tú sabes como descomponerlo en objetos serializables y recomponerlo a partir de ellos. Si no es así, simplemente no puedes "serializarlo".
S!
PD:
http://java.sun.com/developer/techni...serialization/