@lgga Solo debes agregar un contador, ahi te dejo el código:
Código:
<ul>
<?php query_posts('cat=1&showposts=9999'); ?>
<?php $cont = 1; $b = 2; ?>
<?php while (have_posts()) : the_post(); ?>
<?php if ($postnum %= $b) { ?>
<li><a class="alignleft" href="<?php the_permalink();?>"><?php the_title(); ?></a></li>
<?php } else {?>
<li><a class="alignright" href="<?php the_permalink();?>"><?php the_title(); ?></a></li>
<?php } ?>
<?php $cont++; ?>
<?php endwhile;?>
</ul>
en tu CSS debes agregar las clases "alignleft" y "alignright" o puede ser que ya la tengas..
Salu2!