Hola como te va
Mira yo tuve muchas veces ese mismo problema que vos, por ejemplo necesitaba instalar distintos programas y base de datos.
Cuando tenes que instalar cosas como sql server o el frameworks el instalador que te general el visual studio está bien porque tiene opciones para especificar que si falta algunos componentes lo instales desde el cd, eso lo configuras desde una de las propiedades que tiene el proyecto del instalador, pero tuve el problema que no podía incluir por ejemplo que instalara otros programas como winrar o servidor de base de datos como oracle.
Al final como lo que hice fue usar otro programa alternativo para generar instaladores, porque el de visual studio es básico, uno de ellos que podes probar el el Windows Installer(gratis), InstallShield etc, si buscas por la web hay muchos y varios son gratis:
http://www.softonic.com/windows/instaladores-descargas