Listo, es que mejor dicho... era solo que preguntara para que encontrara por mi mismo las respuestas, de todas maneras espero que a alguien le sirva.
Existen 2 formas tal como lo dije anteriormente, pero ésta vez las combine, de ésta forma para agregar nuevos comandos cree una carpeta en el escritorio que se llama comandos, fui a Inicio+Pause->Opciones Avanzadas->Variables de Entorno y en vez de agregar nuevos valores en "Variables de Usuario para XXXX" modifique en "Variables del sistema" las variables:
Path: agregando ";C:\Documents and Settings\t
suario\Escritorio\Comandos" (notar el punto y coma al inicio)
PATHEXT: agregando al final ";.LNK" (tal y como esta)
De ésta forma, todo acceso directo que agregue en la carpeta comandos la puedo ejecutar desde Inicios+R así:
HL2
Proyectos
Textos
Juegos
etc